基因单核苷酸多态性（SNP）突变检测服务

一、 定义:

       1)一种遗传标记，包括单个碱基的缺失和插入，更多情况是单个碱基的置换。

       2)通常情况下是一种二等位基因的变异，多为转换，即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基，或一种 嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基，转换与颠换之比为2：1。

       3)SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C→T，因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的，自发脱氨 后即变为胸腺嘧啶。

       4)人类基因组SNP位点的数量：目前的估计不完全相同，有人估计每400bp就有一个碱基不同；另一些人则估计变异频率在0.5‰--10‰。如果假定1/1000的碱基是多态，那么人类30亿碱基中就 有300万SNP位点。

       5)SNP的分布不均匀，非转录序列中要多于转录序列，绝大多数位于蛋白的非编码区。

       6)重要性：虽然SNP 不及RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）和短串联重复序列 STR标记变异程度高，但由于数量巨大，分布频密，因此就整体而言，其多态性要高得多。

       7)检测方便：大多为二态，便于自动化批量检测。

二、 方法 DNA序列分析（DNA sequencing） 应用各种突变检测技术检测到的基因突变，最后都需用序列分析才能确定突变类型及突变位置，其效率可以达到100％

主要有两种方法：

       1,测序法：现在的测序方法已与经典的方法有了很大的不同，其基本原理虽仍是双脱氧终止法，但自动化程度大为提高，操作更简便，测序时间也大大缩短。随着PCR技术与测序联合使用，不需经过M13亚克隆步骤，故称为直接测序法（direct sequencing,DS）。

       2,探针法：实验原理：探针只与模板特异性地结合，其结合位点在两条引物之间。探针的5′端标记有报告基团(Reporter, R)，如FAM、VIC等，3′端标记有荧光淬灭基团(Quencher, Q)，如TAMRA等。当探针完整的时候，报告基团所发射的荧光能量被淬灭基团吸收，仪器检测不到信号。随着PCR的进行，Taq酶在链延伸过程中遇到与模板结合的探针，其5′→3′外切核酸酶活性就会将探针切断，报告基团远离淬灭基团，其能量不能被吸收，即产生荧光信号。在探针的5’端使用不同的Report荧光基团，单一PCR中可以检测到多个探针的杂交与相应荧光。只有与模板完全匹配的TaqMan探针在与等位基因发生特异性杂交后，利用Taq酶的5’外切酶活性作用使得探针的5’Report荧光能够被检测。

实验步骤如下：

(1)客户收集标本(血液或组织等标本);

(2)确定基因突变SNP位点, 设计合成特异PCR扩增普通引物及探针,并在NCBI网站做BLAST;

(3)进行PCR扩增,通过SNP分型获得实验报告;

(4)分析报告,给出实验结果;

本公司提供探针法SNP技术服务

突变数据库

Human Gene Mutation Database (HGMD)

http://www.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

The Genome Database (GD)

http://www.gdb.org

SNP数据库

Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

Human Genome Variation Database (HGVbase)

http://hgvbase.cgb.ki.se/

The Snp Consortium， LTD.（TSC）

http://snp.cshl.org/

www.hapmap.org